Valsts aģentūra “Maksātnespējas administrācija” tika izveidota 2002.gada 16.janvārī ar mērķi īstenot valsts politiku maksātnespējas jomā, nodrošināt valsts un sabiedrības interešu aizsardzību, lai mazinātu iespējamo nelabvēlīgo sociālo seku iestāšanos uzņēmumu un uzņēmējsabiedrību maksātnespējas gadījumos.

Valsts aģentūra “Maksātnespējas administrācija” no 2013.gada 1.janvāra tika pārveidota par tiešās pārvaldes iestādi, tā zaudējusi valsts aģentūras statusu, un ar 2013.gada 1.janvāri iestādes nosaukums ir Maksātnespējas administrācija.

2003.gada 1.janvārī stājās spēkā Ministru Kabineta noteikumi Nr.608 „Par uzņēmējdarbības riska valsts nodevas apmēru un darbinieku prasījumu garantiju fondā ieskaitāmās nodevas daļu 2003.gadā”, kas paredzēja uzņēmējdarbības riska valsts nodevas ieviešanu. Uzņēmējdarbības riska valsts nodevas mērķis ir darba devēju maksātnespējas gadījumā nodrošināt darbinieku prasījumu apmierināšanu no darbinieku prasījumu garantiju fonda līdzekļiem. Maksātnespējas administrācija ir darbinieku prasījumu garantiju fonda līdzekļu turētājs.

Līdz ar iestāšanos Eiropas Savienībā 2004.gada 1.maijā Latvijā spēkā stājās Padomes regula (EK) Nr.1346/2000 par maksātnespējas procedūrām, kas reglamentē pārrobežu maksātnespējas procesa tiesisko jautājumu risināšanas starptautisko piekritību. Stājoties spēkā Padomes regulai (EK) Nr.1346/2000 par maksātnespējas procedūrām, tika noteikti jauni pienākumi un tiesības maksātnespējas procesa administratoriem, dalībvalstu tiesām un kreditoriem, lai papildus dalībvalstu nacionālajās tiesībās definētajam maksātnespējas procesa regulējumam ar jaunu tiesību un pienākumu definējumu nodrošinātu efektīvu parādnieka maksātnespējas procesa norisi gadījumā, ja parādnieka darbības rezultātā uzsākts maksātnespējas process ar pārrobežu efektu. 

Kopš 2015.gada Maksātnespējas administrācija piemēro sodus par Latvijas Administratīvo pārkāpumu kodeksa 166.36 pantā paredzēto pārkāpumu par maksātnespējas procesa noteikumu pārkāpšanu.

Stājoties spēkā 2016. gada 22. decembra Maksātnespējas likumā grozījumiem, Maksātnespējas administrācijas kompetencē tika nodoti jauni uzdevumi un piešķirti jauni instrumenti tās darba efektivitātes paaugstināšanai. Sākot ar 2017. gada 6. janvāri, Maksātnespējas administrācija nodrošina administratora kvalifikācijas kontroli. Savukārt, sākot ar 2017. gada 1. jūliju, Maksātnespējas administrācija veic klātienes pārbaudes tiesiskās aizsardzības procesa uzraugošās personas un maksātnespējas procesa administratora prakses vietā.

2018.gada 31.maijā tika pieņemts likums "Grozījumi Maksātnespējas likumā", saskaņā ar kuru tika mainīts Maksātnespējas administrācijas nosaukums, nosakot, ka iestādes nosaukums no 2018.gada 1.jūlija ir Maksātnespējas kontroles dienests.